A principios de 2019, la dirigencia de Gimnasia y Esgrima La Plata decidió correr de su cargo a Pedro Antonio Troglio. Tras llevar al equipo a disputar la final de la Copa Argentina 2018, el ídolo tripero se fue por la puerta de atrás, hecho que se volvió habitual en la gestión de Gabriel Pellegrino.
Luego de esta situación, decidió asumir el reto de dirigir a Olimpia de Honduras, donde rápidamente obtuvo resultados. Allí conquistó los ocho torneos locales que disputó, se consagró campeón de la Liga de Concacaf, y batió diferentes récords.
Tras finalizar la temporada, Pedro estuvo en TyC Sports, donde habló de su salida al fútbol hondureño. "Extraño a mi país, a mi familia y claramente al fútbol argentino también. Cuando perdí aquella final con Gimnasia en 2018 me hizo un click, quise buscar otra cosa y salió Honduras".
Además, valoró lo hecho allí, aunque no descartó un regreso a Argentina. "Fui y no me arrepiento para nada, he vivido unos momentos inolvidables. Siempre mi idea es volver a mi país, yo vivo acá. Lo veo muy parejo al fútbol argentino. Son muchos equipos, demasiados, nadie tiene garantizado nada. Es muy difícil".
A principios de 2022, Troglio tuvo su vuelta ya que dejó Olimpia para tomar las riendas de San Lorenzo de Almagro, aunque los resultados no fueron los esperados. Vale recordar que tras su salida de Gimnasia declaró que no volvería a dirigir al conjunto mens sana.